آیتالله العظمی سید محمد هادی حسینی میلانی از مراجع تقلید در هفتم محرم ۱۳۱۳ ه.ق (۹/۴/۱۲۷۴ ش) در خاندان بزرگ علمی در نجف به دنیا آمد. پدرش آیتالله سید جعفر میلانی شاگرد و داماد آیتالله محمد حسن ممقانی بود.یای مادری آیه الله میلانی آیه الله شیخ محمد حسین مامقانی (متوفی به سال 1223 ق.) شاگردان شیخ مرتضی انصاری و شیخ مهدی آل کاشف الغطا است که خود از فقهای بزرگ اوایل قرن چهاردهم ق. به شمار میرفت
و در دوران زندگی به زهد و پارسایی شهرت داشت. آیتالله میلانی در سنین کودکی پدرش را از دست داد. ااولین مکتب تربیتی سید محمد هادی دامان مادری از خاندان علم و فضیلت و پدر فرزانه و عالم وی بود.یشان تا ۱۲ سالگی مقدمات معارف دینی را نزد میرزا ابراهیم همدانی و ملا حسن تبریزی و دیگران خواند. دوره سطح را نزد شیخ ابراهیم سالیانی، سید جعفر اردبیلی، حاج میرزا علی ایروانی و شیخ ابوالقاسم ممقانی فرا گرفت. آنگاه به درس خارج و فقه و اصول آیات عظام شریعت اصفهانی، نائینی، محمد حسین اصفهانی و آقای ضیاءالدین عراقی حاضر گردید و به مرتبه اجتهاد نایل آمد. همچنین فلسفه و کلام را از محضر محمد حسین اصفهانی و شیخ جواد بلاغی آموخت.بعدها نیز همواره با اساتید تفسیر به ویژه با مفسر بزرگ علامه طباطبایی صاحب تفسیر المیزان مباحثه و مناظره داشت. وی تفسیر را در کنار فقه و اصول تدریس میکرد و محصلین علوم دینی را با قرآن، این منبع جوشان فیض الهی آشنا میساخت. و این روش را که نشانهای از عشق ایشان به قرآن بود همواره در زندگیش حفظ کرده بود.ایشان هشت سال نیز در علوم حدیث با آیه الله شیخ علی قمی مباحثه و مذاکره داشت و نسخه کتاب وسایل الشیعه خود را با نسخهای که به خط شیخ حر عاملی بود، مقابله کرده است